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            全基因合成常見問題(一)

            作者:上海捷瑞生物工程有限公司 瀏覽: 發表時間:2020-02-24 00:00:00

            全基因合成常見問題(一)

            Q1. 化學合成基因的方法有哪些?

                (1) 全基因合成:一般對于分子較小而又不易得到的基因采用該方式??蓪㈦p鏈基因分成若干寡核苷酸單鏈片段(尤其待合成基因在100個核苷酸以上時),每個片段長度控制在40~60個堿基,并使每對相鄰互補的片段之間有大于6bp交叉重疊。在體外將所有對應的片段混合經PCR反應即可拼接得到較長的基因片段。采用分步連接、亞克隆的方法時,最后將亞克隆的較大片段重組為完整的基因。為便于亞克隆中回收基因片段,應在片段兩側設計合適的酶切位點;由于每個亞克隆可以分別鑒定,從而可減少順序錯誤的可能性。

                (2) 酶促合成:此法又稱基因的半合成法。全基因合成,特別是較大的基因的全部化學合成成本昂貴,使用半合成的方法可以降低成本,從而利于普及使用。首先合成末端之間有10~14個互補堿基的寡核苷酸片段,退火后以重疊區作為引物,在4種dNTP存在的條件下,通過DNA聚合酶或反轉錄酶的作用,獲得兩條完整的互補雙鏈。合成基因的結構應包括有克隆和表達所需要的全部信號及DNA順序,基因密碼子的閱讀框架也應該同表達體系相適應。此外,由于不同物種的密碼子使用偏好性,在基因合成和克隆時必須考慮這個問題??赏ㄟ^密碼子優化獲得高效表達。

            Q2. 為什么要進行全基因合成?

                最常見的獲得目的基因的方法是PCR 擴增釣取基因。但很多的時候,擴增只會得到痕量或根本就得不到目的基因。如果用這種方法,首先,必須準備某一特定組織的cDNA文庫,就必須花時間去準備或訂購。其次,目的基因在文庫中的含量必須充足,否則就可能會找不到合適的方法釣取或克隆得到。第三,PCR擴增得到的目的基因可能會含有許多點突變或單核苷酸多態性,這會給您后期的實驗應用帶來極大麻煩。

                擁有國內從事基因合成最早的、經驗最豐富的專家團隊,捷瑞公司可以在第一時間提供給您100%正確的目的基因,比PCR釣取法更快更準確,甚至更節約經費。

            Q3. 全基因合成一般服務流程是怎樣的?

                (1) 客戶提供您所需要合成的基因序列信息,可從捷瑞公司網站(www.songtaowang.com)下載全基因合成訂單,務必詳細填寫;

                (2) 本公司首先將對客戶提供的基因全序列進行軟件分析,檢查基因內部是否含有重復序列及特殊結構,根據序列具體情況設計基因合成方案,并及時回信確認合成信息;

                (3) 在得到客戶認可后簽訂基因合成協議,要求客戶支付合成總費用的50%作為預付款;

                (4) 本公司收到預付款后立即安排生產,進行引物合成、DNA片段拼接等工作,將全長基因克隆于載體中,通過DNA測序確認合成基因的正確性;對錯誤位點用定點突變方法進行修復,最后得到與客戶提供序列完全一致的基因;

                (5) 基因合成結束,通知客戶支付剩余的50%合成款項;

                (6) 待客戶付余款之后及時給客戶發貨。

            Q4. 在捷瑞公司合成的基因有長度限制嗎?

                捷瑞公司可以合成任何長度的基因。

            Q5. 密碼子優化有必要嗎?

                有必要。不同來源的種屬密碼子的偏好性不同。比如,在人體內受偏愛的密碼子對于E. coli來說可能是稀有的。捷瑞公司已經為國內外客戶優化了大量的基因,有自主研發的專業軟件??擅赓M為客戶提供密碼子優化服務。

            Q6. 捷瑞公司的標準免費克隆載體是什么?

                (1) pUC系列(pUC18/pUC19/pUC57),pBluescript II SK(+),PCR2.1等載體:含有若干常用限制性內切酶識別序列;

                (2) pGH,pGE 載體:結構簡單,僅含最常用的酶切位點,系捷瑞公司自主研發(見目錄載體和菌株部分介紹);

                (3) pTG19-T 載體:適用于T/A克??;另外,本公司還有近300種商業表達載體(如pET系列,pPIC系列)可供基因合成后克隆選擇;若有特殊要求,需換到一些特殊載體或改造過的載體,為方便后續實驗的及時進行,請提供載體及相關的載體信息。

            Q7. 捷瑞公司的合成時間如何?

                1500bp以內的常規基因,承諾15個工作日內發貨。

            Q8. 為什么基因合成的費用比引物合成高的多?

                基因合成包括一個完整的流程:序列分析、優化、引物設計與合成、引物拼接與PCR擴增,PCR產物的T/A克隆,測序篩選,點突變修復、發貨準備等一整套服務,而引物合成只是基因合成工作中的一小部分。如同買一輛汽車與買一堆鐵塊和橡膠是一個道理。

            Q9. 基因合成必須要提供基因序列嗎?

                是的。您必須提供AA序列或者DNA序列。我們只根據您提供的序列進行基因合成,可以提供免費密碼子優化,但是不提供基因序列的查詢服務。

            Q10. 必須要簽定合同與交納50%預付款嗎?

                是的,為保障雙方權利與信譽,應該這么做。

            Q11. 質量如何保證? 時間如何保證?

                所有在捷瑞公司合成的基因,都經過100%測序驗證。捷瑞公司基因部擁有獨立的分子生物學實驗平臺;本公司引物合成部、測序部,分子生物學試劑盒部,是基因合成部的根本保障?;虿恐鞴軗碛惺暌陨蠈I合成基因的工作經驗,基因合成的工作團隊均經過專業、嚴格的培訓,能保證所承接項目順利進行。


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