細菌基因組DNA提取常見問題

Q-1 基因組DNA得率低或無基因組DNA

A-1 一般情況下，從100ul-1ml過夜培養的大腸桿菌中，可以提取1-10ug的基因組DNA，推薦的菌液量是用500ul的過夜培養的濃菌液。我們不建議用過多的菌液，可能導致溶液不足而降低所提DNA的質量?；蚪MDNA得率較低時可從一下幾個方面考慮：

    1.DNA未充分釋放，保證在TE中充分懸浮菌體，注意不要殘留菌體，加入Digestion Solution充分混勻。

    2.溶菌酶失活，溶菌酶要用附帶的SP buffer配制，用水或堿性的TE配置的溶菌酶不能長期保存。配制好的溶菌酶最好分裝成小份于-20℃保存。

    3.Proteinase K失活，proteinase K起到酶解細菌的作用，該酶失活后細菌裂解效率將大大降低。

    4.洗脫時將滅菌水或Elution Buffer 加熱至65℃后使用將有利于提高洗脫效率。

    5.嚴格按照操作方法進行操作有利于提高基因組DNA得率。

Q-2 提取的基因組DNA有降解，為什么？

A-2 1.確認選用的培養菌體是否新鮮，如果菌體需要保存時，請于-80℃保存

    2.起始菌液量過多，導致菌液裂解不充分，部分DNA降解。

    3.菌體本身富含DNA酶活性，加入Digestion solution后再補加20ul 0.5M EDTA溶液來抑制內源性核酸酶。

Q-3 提取的DNA中有RNA污染，為什么？

A-3 1.一般提取基因組DNA過程中，RNA殘留已經很少了，如果需要減少提取DNA中的RNA含量，有必要在消化步驟中加入4ul RNase A。

    2. RNase A可能失活。RNase A一般比較穩定，不易失活。如果確認是RNase A長期保存等原因導致其活性喪失，可以用實驗室中已有的RNase A替代試劑盒中的RNase A。

Q-4 提取的基因組DNA生物活性差，為什么？

A-4 1.提取的基因組DNA中鹽分濃度過高，請嚴格按照說明書操作。

    2. 提取的基因組DNA中含有乙醇。離心的速度和時間應該嚴格遵循說明書要求進行。

Q-5 能否用本試劑盒提取酵母中的基因組DNA？

A-5 不能，酵母屬于真核生物，其細胞壁的化學組成和結構與細菌不同，因此Lysozyme不能使其細胞壁溶解，所以，本試劑盒不能提取酵母中的基因組DNA。如果需要提取酵母基因組DNA，請用酵母提取試劑盒（GK1091/GK1092）。

Q-6 本試劑盒是否適用于任何菌體基因組DNA的提??？

A-6 不一定。有些細菌的細胞壁的結構比較特殊，使用Lysozyme進行溶菌，其基因組DNA不能有效的釋放出來。比如Staphylococcus Aureus 等革蘭氏陽性菌便無法使用本試劑盒提取基因組DNA。